1995年

　　深港雙方正式簽署協議，深圳河治理一期工程委托深圳市政府進行。

　　1997年

　　深圳河治理一期工程完成后裁彎取直形成一塊面積約87公頃的區域，位於深圳河中游。

　　2007年

　　12月，深港兩地政府成立了“港深邊界區發展聯合專責小組”，積極推進落馬洲河套地區的規劃及發展研究工作。

　　2008年

　　11月，深港兩地政府簽署《落馬洲河套地區綜合研究合作協議書》，將河套地區的研究范圍拓展為三個片區，其中河套A區和河套B區在港方境內﹔深圳河以北的河套C區，在深方境內。

　　2011年

　　11月，深港雙方簽署《推進落馬洲河套地區共同開發工作的合作協議書》，同意在“一國兩制”大原則下，按“共同開發、共享成果”原則，合作推動河套地區發展。

　　2017年

　　1月，深港兩地政府簽署《關於港深推進落馬洲河套地區共同發展的合作備忘錄》，明確雙方在河套A區共同發展“港深創新及科技園”，同時香港也支持深圳將深圳河北側毗鄰河套地區的約3平方公裡區域規劃打造成為“深方科創園區”，共同構建“深港科技創新合作區”。

　　7月1日，在習近平總書記親自見証下，粵港澳三地政府和國家發改委共同簽署《深化粵港澳合作 推進大灣區建設框架協議》，明確提出支持“港深創新及科技園”建設。

　　9月27日，廣東省委、省政府印發《廣深科技創新走廊規劃》，將“深港科技創新特別合作區”列為廣深科技創新走廊重要創新節點。

　　2018年

　　8月，深圳粵港澳青年創新創業工場（福田）正式啟動。

　　2019年

　　2月18日，中共中央、國務院印發《粵港澳大灣區發展規劃綱要》，明確提出：“支持落馬洲河套港深創新及科技園和毗鄰的深方科創園區建設，共同打造科技創新合作區，建立有利於科技產業創新的國際化營商環境，實現創新要素便捷有效流動”。

　　5月7日，深圳市福田區與香港科技大學舉行創新創業項目簽約儀式，標志著深港科技創新合作區在深港合作領域開啟新征程。

　　6月18日，河套合作區深圳園區首批項目舉行地勘開鑽儀式，深圳園區建設實現實質性的突破。

　　6月28日，皇崗口岸臨時旅檢場地建設項目作為皇崗口岸重建工程的先行項目正式啟動。

　　8月6日，金磚國家未來網絡研究院中國分院成立儀式暨未來網絡創新論壇在深圳舉行。金磚國家未來網絡研究院中國分院正式落戶河套合作區。

　　8月18日，《中共中央國務院關於支持深圳建設中國特色社會主義先行示范區的意見》出台，明確要求“加快深港科技創新合作區建設，探索協同開發模式，創新科技管理機制，促進人員、資金、技術和信息等要素高效便捷流動”。

　　11月22日，深港科技創新合作區深圳園區項目集中開工儀式，位於深圳園區的深港開放創新中心、深港科創綜合服務中心以及周邊14個衛星園區和配套項目集中開工。

　　2020年

　　6月23日，皇崗口岸重建項目拆除工程啟動儀式，皇崗口岸實現“三開”，即臨時旅檢廳開通、老口岸旅檢區開拆、新口岸綜合業務樓開工。

　　7月23日，《深圳市人民政府關於支持深港科技創新合作區深圳園區建設國際開放創新中心的若干意見》（深府[2020]45號）正式印發。

　　10月14日，習近平總書記出席深圳經濟特區建立40周年慶祝大會並發表重要講話，強調要“規劃建設好河套深港科技創新合作區”。

　　12月23日，國家藥品監督管理局、廣東省人民政府和深圳市人民政府舉行國家藥品監督管理局藥品審評檢查大灣區分中心、醫療器械技術審評檢查大灣區分中心落戶深圳挂牌儀式。

　　2021年

　　1月28日，西門子能源深圳創新中心揭牌儀式暨福田區政府-西門子能源—深圳能源合作框架協議簽約儀式舉行，又一世界級創新中心落地河套。

　　2月19日，河套合作區“e站通”綜合服務中心舉辦啟動儀式，河套“e站通”正式投入運營。

　　3月12日，《中華人民共和國國民經濟和社會發展第十四個五年規劃和2035年遠景目標綱要 》提出，加強粵港澳產學研協同發展，完善廣深港、廣珠澳科技創新走廊和深港河套、粵澳橫琴科技創新極點“兩廊兩點”架構體系，推進綜合性國家科學中心建設，便利創新要素跨境流動。

　　4月19日，國家發改委發布《粵港澳大灣區建設、長江三角洲區域一體化發展中央預算內投資專項管理辦法》，明確優先支持河套深港科技創新合作區建設。

　　9月6日，深港高層會晤暨合作會議簽約及合作項目啟動儀式在深圳舉行，《關於推進河套深港科技創新合作區“一區兩園”建設的合作安排》簽署發布。

　　2022年

　　4月，福田區人民政府印發《河套深港科技創新合作區深圳園區選題征集制實施細則》等5個文件，推出選題征集制、團隊揭榜制、項目經理制、政企聯動制、同行評議制五大創新政策等5項創新機制。

　　4月，深圳市福田區河套國際商事調解中心正式成立。

　　7月7日，河套合作區舉行慶祝香港回歸25周年暨深港河套“招才引智”推介大會，會上發布深港“聯合政策包”、“產業政策包”和“港澳青年創新創業支持計劃”三大政策，並啟動量子科學中心、IDEA中心、香港城市大學物質科學研究院等9個新產業園區和18個科研機構和企業總部項目。

　　8月26日，河套深港科技創新合作區舉辦總設計師聘任活動暨深港河套規劃論壇。此次聘任面向全球遴選，最終形成了“深圳＋香港”“規劃＋建筑”雙城視角高端智庫。

　　9月24日，國際性產業與標准組織世界無線局域網應用發展聯盟正式落戶河套合作區。

　　11月3日，河套合作區發布6項“揭榜挂帥”科技攻關榜單，單個項目最高可獲2000萬元資助資金支持。

　　11月29日，深圳福田區人民政府與香港城市大學正式簽署戰略合作框架協議，香港城市大學物質科學研究院（福田）正式落地河套合作區。

　　2023年

　　1月29日，深圳市高質量發展大會暨2023年全市首批重大項目開工儀式上，粵港澳大灣區(廣東)量子科學中心、國際生物醫藥產業園三期、河套EDA創新中心和河套深港合作成果轉化中心啟動開工。

　　2月6日，深港全面恢復“通關”首日，隨著第一輛持“香港-福田保稅區-深圳”行駛標志的香港號牌車輛駛入福田保稅區，標志著福田保稅區一號通道正式恢復小車通行。

　　2月14日，位於河套深港科技創新合作區的舒糖訊息科技（深圳）有限公司收到來自香港的首筆知識產權融資，標志著首個深港跨境知識產權証券化項目完成深港兩地資金募集並正式落地。

　　2月17日，河套合作區首批“全球揭榜”榜單結果公布， 5個項目順利揭榜。

　　2月27日，香港財政司副司長黃偉綸率領香港特區政府代表團，與深圳市常務副市長黃敏率領的深圳市政府代表團，在深圳舉行首次“對接北部都會區發展策略專班”會議。

　　2月27日，深圳市人民政府外事辦公室公布了首批國際化街區評定結果，河套深港科技創新合作區（福田保稅區）獲評“國際化示范街區”“ 國際化產業創新特色街區”。

　　3月8日，深圳市涉外涉港澳商事一站式多元解紛中心在河套深港科技創新合作區正式揭牌，這是繼“河套國際商事調解中心”“深圳市福田區矛盾糾紛專業調解分撥中心”后，落戶河套的第三個國際化法律服務平台。

　　4月15日，第二十一屆中國國際人才交流大會在深圳會展中心（福田）盛大開幕。河套深港科技創新合作區作為重大平台首次亮相6號館國際人才服務館。

　　4月20日，香港城市大學“高時空分辨率電子顯微鏡”全球新聞發布會在港城大及港城大深圳福田研究院同步舉行。

　　5月12日，香港科技大學深港協同創新研究院三周年暨成果展圓滿舉辦。活動現場展示了港科大落戶河套合作區以來的科創及科研成果。

　　6月1日，國際星閃無線短距通信聯盟獲得民政部簽發的社會團體法人登記証書，成為第二個注冊地設立在深圳市的國際性產業與標准組織，已正式落地河套合作區。

　　7月12日，國家發展改革委會首次公布了包含阿裡巴巴、騰訊、美團等在內的平台企業在支持科技創新、傳統產業轉型方面的典型投資案例。其中，河套合作區企業未來機器人（深圳）有限公司（以下簡稱未來機器人）獲美團投資支持，成為全國6個案例之一。

　　8月，國務院印發《河套深港科技創新合作區深圳園區發展規劃》，指出要高質量、高標准、高水平推進合作區深圳園區建設，積極主動與香港園區協同發展、優勢互補，打造成為世界級的科研樞紐。

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